食用菌的保鲜方法良多，主要有鲜储，冷藏，气调等几种方法。
冷藏方法
食用菌种类繁多，各菌种所需要的冷藏温度亦有所分歧。如草菇的适宜保鲜温度是0-2度（可存放14天），4-6度想很快液化，10-15度（可存放3天），30度只能存放24小时。双孢蘑菇0度下可存放35天，5度下可存放28天，15度时只能存放12天。注意食用菌的冷藏库内不能同时存放水果，因为水果可产出乙烯等还原性物质，使双孢蘑菇，金针菇，香菇，猴头菇等食用菌很快变色。
气调方法
气调存放是通过人工控制环境的气体成分以及湿度温度等因素，达到安全保鲜的目的。一般是降低空气中氧气的含量，提高二氧化碳的浓度。再以低温储存来控制菌种的生命活动。气调储藏是现代比较先进有效的储藏技术，适合与大批量食用菌存放使用。
鲜储方法
采收后的鲜菇经整理后立即放入干净的竹篮，竹筐或木桶等容器中，上用多层湿纱布或塑料薄膜覆盖，置阴凉处。鲜菇在室温下存放的时间受温度和湿度影响较大，若室温为3-5度，空气相对湿度80%，鲜菇可存放7天。此外也可将菇体压于水面之下，但所需用水必须干净卫生，水中含铁量应低于每升2毫升。这样菇体不会变黑，还可延长储存期。